Al levantar Cáceres las masas campesinas e indígenas para combatir a los chilenos, había creado un conflicto social dentro del país, ya que los campesinos exigían una cuota de poder que los hacendados no podían darles sin afectar la estructura social. Mas aún, muchos peruanos se sentían amenazados más por los indígenas que por los chilenos.

El 31 de agosto de 1882, en vista de los desastres que causaban las luchas en el país y a la imposibilidad de derrotar militarmente al ejército ocupante, el coronel Miguel Iglesias, con el apoyo de las provincias del norte del Perú, emitió el manifiesto de Montán, llamando a firmar la paz entre Chile y Perú aceptando la cesión territorial como parte del acuerdo; En enero de 1883, Iglesias se proclamó «Presidente Regenerador de la República» y su enviado José Antonio de Lavalle iniciaron la discusión de un tratado de paz con los negociadores chilenos a cargo de Jovino Novoa Vidal que acordaron las bases del tratado el 3 de mayo de 1883.

Avelino Cáceres, que se oponía terminantemente a aceptar la cesión de territorios, intentó acabar con el gobierno de Iglesias y marchó al norte, pero fue derrotado en la batalla de Huamachuco el 10 de julio de 1883. La decepción generada por la derrota entre los enemigos de la paz fue aprovechada por Iglesias y Lynch (el jefe del gobierno chileno de ocupación) para consolidar el gobierno de Iglesias, quien llegó a Lima el 23 de octubre de 1883. El 22 de octubre de 1883 el ejército chileno había ocupado Ayacucho, sede del gobierno de Lizardo Montero.

Miguel Iglesias convocó a un Congreso Constituyente que, bajo la presidencia de Antonio Arenas, eligió como Presidente Provisorio al mismo Miguel Iglesias. El acuerdo entre los gobiernos fue firmado el 20 de octubre de 1883 entre Jovino Novoa, por el de Chile, y José Antonio de Lavalle y Mariano Castro de Záldivar por el de Perú.

El tratado fue aprobado en la Cámara de diputados de Chile por 43 votos contra uno. En el Senado de Chile su aprobación fue unánime. La Asamblea Nacional del Perú ratificó el tratado el 8 de marzo de 1884 por 99 votos contra 6.