Las primeras excavaciones científicas en el cementerio de Ancón fueron realizadas entre 1874 y 1875, por Wilheim Reiss y Alphons Stubel. En aquel entonces el cementerio se encontraba en pleno proceso de destrucción debido al tendido de la línea férrea Lima – Huacho. Ellos excavaron en diversos lugares dentro y fuera de la «necrópolis» y no se sabe cuántos entierros fueron excavados en total.

Los resultados de sus investigaciones fueron publicados en tres tomos (das Totenfeld Von Ancón, 1880 – 87); ésta presenta minuciosas descripciones e ilustraciones a color del material cultural recuperado, aunque sus autores no se preocuparon mayormente por las asociaciones arqueológicas, ni abordaron el problema cronológico de los entierros y del yacimiento en general.

LINEA DE TIEMPO DE EXCAVACIONES

• En 1876, Charles Wiener visitó Ancón y abrió diversos entierros, pero no publicó los resultados. Los especímenes recuperados pasaron a integrar los fondos del Mussée Ethnographique de Paris.

• En 1884, Knut Hjalmar Stolpe exhumó algunas tumbas en la necrópolis. Sus colecciones se encuentran en el Museo Etnológico del Estado en Estocolmo, pero sus notas de campo han desaparecido.
• Entre 1891 y 1892 George Amos Dorsey excavó por cuenta de la exposición Mundial Colombina de Chicago, 127 tumbas en la necrópolis; este material le sirvió de base para su tesis doctoral de 1894, titulada “ An archaelogical study based on a personal exploration of over one hundred graves at the necrópolis of ancón Perú”. Sus notas de campo también se perdieron.
• En 1904 el alemán Max Uhle excavó en la zona de las colinas un conchal constituido por enormes acumulaciones de desperdicios de alimentos de origen marino. Uhle propuso que los conchales testimoniaban la presencia de una etapa anterior a la ancestral civilización peruana, y la estimó como propia de “pescadores primitivos”. Por otro lado, William D. Strong analizó la cerámica de los contextos con ayuda de los apuntes de campo inéditos de Uhle y les confirió un orden cronológico, el cual confirma básicamente los datos de Uhle.
• En 1941, Gordón R. Willey y M. Newman, arqueólogos de la universidad de Columbia, excavaron en la zona de las colinas. Los resultados se publicaron en 1954, donde Willey elabora un primer ordenamiento cronológico de la cerámica perteneciente a Ancón Temprano.
• A fines de 1945 se iniciaron grandes campañas de “rescate arqueológico” motivados por la construcción de asentamientos modernos en la zona norte de la “Necrópolis”. Julio C.Tello excavó un área de 2,000 m .de lago por 200 m de ancho. En la zona de Miramar donde se encontraron 1,570 entierros con un total de 14,055 objetos. Hasta la fecha solo se han presentado un informe provisional sobre las excavaciones realizadas en el sector noreste de la “Necrópolis”, en el cual yacían alrededor de 100 entierros.
• En 1946, en el marco de este programa, Julio C.Tello excavó 264 entierros de un cementerio del horizonte Temprano en la zona de las colinas (parte superior de la pista de playa hermosa). Rebeca Carrión Cachot describió estos entierros en forma sucinta. Con motivo de una exposición en Ancón, que se llevo a cabo en la Universidad Nacional Mayor de san Marcos en 1951, Carrión, quien dirigió los trabajos en Ancón tras la muerte de Tello, publicó un pequeño catálogo sobre esos estudios.
• En 1950, una segunda campaña de excavaciones se organizo en la zona de Miramar, bajo la dirección de la Inspección de Monumentos Arqueológicos. En el lapso entre agosto de 1950 y octubre de 1953 se excavaron 875 entierros que contenían un total de 11,090 objetos. Los resultados obtenidos de esta campaña fueron publicados en forma parcial por Rogger Ravines (1979 – 1983).
• Entre julio y septiembre de 1955 y de septiembre a octubre de 1968, la Sección de Exploraciones y Conservación de Ruinas y Monumentos Arqueológicos de la dirección de Arqueología e Historia organizó las últimas compañías en Miramar. En 1959 se encontraron 68 entierros que contenían 391 objetos y en 1965 fueron hallados 21 entierros, con 171 objetos en total.
• Por otra parte durante 1957 y 1958, Ernesto Tabío y Eduardo Lanning realizaron algunas trincheras en la zona de las colinas, donde encontraron fragmentos de cerámica estilo paracas cavernas.
• En 1959 trabajó en la zona del vivero (colinas) el personal del museo nacional de Antropología y Arqueología y encontró algunos entierros correspondientes al Horizonte Temprano. Estos trabajos prosiguieron en el periodo de 1960 y 1962. Jorge C.Muelle y Rogger Ravines presentaron una publicación intitulada “Los Estratos Preceramicos de Ancón” (1973), donde dan cuenta sobre los hallazgos y sus resultados.
• En 1960 y 1961. Ramiro Matos excavó en la zona de las colinas un sitio de nombre El Tanque y posteriormente, en base a los resultados de su excavación, hizo su tesis doctoral intitulada “La Cerámica Temprana de Ancón y sus problemas” (1962) inédita. De 1961 a 1963 y durante 1967, Hermilio Rosas excavó en las colinas; el material cultural recuperado le sirvió de base para su tesis de bachiller de 1970, titulada “La Secuencia Cultural del Periodo Formativo de Ancón” cuya publicación ha sido editada en 2007.
• En agosto de 1966, Hilda Vidal y Carlos Guzmán Ladrón de Guevara dirigieron las excavaciones en los barrios de Las Latas, Las Esteras, Miramar y Pescadores. Como resultado salieron a la luz más de 90 entierros.
• De 1968 a 1969, Hilda Vidal llevó a cabo trabajos arqueológicos en la pampa del barrio de las Esteras, Miramar, Las Colinas. Los resultados nunca fueron publicados.
• De 1969 a 1970, Humberto Ghersi y Lorenzo Samaniego ejecutaron diversas excavaciones en el Parque Inca Garcilazo de la Vega, Barrio de Pescadores.
• En 1970 Alberto Millar, excavo en el sitio El Tanque de las Colinas. Posteriormente en base a los estudios del material rescatado Hizo su tesis doctoral titulada: “Economic Prehistory At The Ancón Tank Site: A test Of Demographic Explanation of Agricultural Origins in The Ancón – Chillon region, central perubian Coast”
• En 1976, se realizó una campaña en la Pampa de San José bajo la dirección del Instituto Nacional de Cultura, en la cual se descubrieron 12 entierros, los mismos que fueron excavados por Rogger Ravines.

• Entre enero y febrero de 1994, el Centro de Investigación Arqueológica de Ancón y la Universidad de Lima ejecutaron el Proyecto Arqueológico “Tumbas de Ancón” en la zona de Miramar bajo la dirección de Federico Kauffman Doig. En total se exhumaron 20 contextos funerarios, correspondientes a 31 individuos. Los resultados fueron publicados en Arqueológicas Nº- 23 (1996).

De esta manera, se han excavado, en algunos casos, con criterio científico más de 3,000 entierros en Ancón. No obstante, hasta la fecha solo una pequeña parte de los datos de estos estudios ha sido publicada.